CSV形式の読み込みにつきましては
「CSVファイルから要素と接続を作成アドイン」で対応できます。

https://www.sparxsystems.jp/products/EA/tech/Addins.htm#ImportCSV

サポート宛にいただきましたご質問の要約です。

○ご質問

CSV形式のデータで、要素間の関係の入出力はできますか？

○回答

ご質問の内容につきまして、申し訳ございませんが
Enterprise Architectの標準機能のCSV入出力では
要素のみが対象で、要素間の関係は対象外です。

出力につきましては、Excel出力アドインを利用することで
要素間の関係をExcel形式で出力することができます。
https://www.sparxsystems.jp/products/EA/tech/Addins.htm#ExcelAddin


ただし、いずれの場合も、既存の情報を読み込んでの接続の作成は
できません。APIを利用し、お客様ご自身で読み込むプログラムを
作成する必要があります。