別の場所に保持されているファイルやURLの情報といった要素に紐付けているファイルパス名を一括で置き換える方法は無いでしょうか？

現状EAにはご要望のような置換機能はございません。

対応案として2つ挙げさせていただきます。

1) アドイン作成
　各要素に関連づいたファイルパスを取得し、文字列を置換する処理を行うアドインを作成する。
　この場合、弊社で提供している無料アドイン「名前・ノートの文字列一括置換アドイン」
　がご参考になると思います。
　https://www.sparxsystems.jp/addin_using.htm

　このアドインはソースコードも公開しています。
　https://www.sparxsystems.jp/addin_making.htm#sourcecode

2) Microsoft Access にて置換
　該当のeapファイルをMicrosoft Accessで読み込み、テーブルの中のt_objectfilesを開きます。
　Filename項目に該当のファイルパスが表示されると思いますので、そこで文字列を置換してください。

なお、Accessがない場合や、アドイン作成が困難といった場合は、ご連絡下さい。