サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

下記のような構成でパッケージを配置し、「ルートパッケージ」を選択しHTMLドキュメントを出力する。

ルートパッケージ
　-　親パッケージ
　　　-　ダイアグラム・要素を含まない空の子パッケージ

HTMLドキュメントを開き、左側の「モデルブラウザ」欄で、子パッケージのリンクをクリックすると
親パッケージのリンクが表示される。
このリンクをクリックすると、「ファイルが見つかりません」と表示されてしまう。


○回答

弊社環境でも現象が再現いたしました。
開発元に調査・確認を依頼いたしました。

なお現状、回避方法はありません。

引き続きご迷惑をお掛けし申し訳ございません。

この問題は、バージョン16.1 ビルド1623で修正されました。
ご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした