サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

ドキュメント生成のテンプレートで、パッケージ名のスタイルを"Heading 1"
要素名のスタイルを"Heading 2"として定義している。
しかし要素名のレベルが、サブパッケージと同一になっている。

[期待する出力結果]
　1 パッケージ名
　1.1 サブパッケージ名
　1.1.1 要素名（クラス名）
　1.1.2 要素名（クラス名）

[EA1624の出力結果]
　1 パッケージ名
　1.1 サブパッケージ名
　1.2 要素名（クラス名）
　1.3 要素名（クラス名）


○回答

弊社環境で確認いたしました所、現象が再現いたしました。
この度はご迷惑をおかけし申し訳ございません。

ご指摘の現象につきましては、開発元に調査・確認を依頼いたします。

なお、現状回避方法はありません。
引き続きご迷惑をお掛けし申し訳ございません。

この問題は、バージョン16.1 ビルド1625で修正されました。
ドキュメント生成ダイアログの「スタイルシート」欄で、
「Meiryo UI」「MS UI Gothic」を選択すると
段落番号が[期待する出力結果]のように出力されます。

ご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。