サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

バージョン16.0で、カスタムドキュメント機能を利用する場合に以下の問題があります。
・内容を更新すると、改行が追加される
・追加したセクションを削除できない
・Heading1等のスタイルが、常にHeading2になる

○回答

いずれの内容も、ご指摘通りの動作を確認しました。
開発元に報告し、修正を依頼します。

いずれの問題も、現時点では回避策はないようです。
引き続きご迷惑をおかけし申し訳ございません。

この問題は、バージョン16.1 ビルド1621で修正されました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。