6月12日に頂きましたご指摘です。

○ご指摘

150MbyteくらいあるEAPファイルのルートパッケージを削除しようとしたら
(すべての内容をすべて削除しようとしたら)
「OutOfMemory」エラーが表示された

○回答

パッケージの削除の際には、削除が可能かどうか等のチェックを
行っています。
(例：バージョン管理されている場合には、設定を解除しないと削除できない、等)

今回の件は、おそらくそのチェックの最中に、対象が多すぎるため
エラーが表示されているのではないかと推測されます。

開発元に改善可能かどうか連絡いたしますが、取り急ぎ
もう少し小さな単位で削除の作業を実施くださいますよう
よろしくお願いします。
(プロジェクトブラウザでパッケージを選択し、Ctrl+DELETEキーで
削除すると、メニューを表示する必要がないので少し便利です。
また、オプションで削除の確認を表示しないようにすれば
もう少し楽になると思います。)

お手数をおかけしてしまい申し訳ございません。

その後追加のコメントを頂き、対象のパッケージの数あるいは
要素の数が非常に多い場合に発生する可能性があるようです。

こちらは、開発元と連携し、調査を進めたいと思います。

もし、類似のエラーが発生した経験をお持ちの方は
ぜひ情報をお寄せください。

よろしくお願いします。