UMLプロファイルの作成をしようと，ツールバーの「プロファイル」の
要素(stereotype, metaclass, applyなど)を使ってモデル化したのですが，
プロファイルとして保存しても正しく生成されませんでした．

ヘルプの「プロファイルの生成」にある方法はプロジェクト内だけということでしょうか？

また，「UMLプロファイルとしてパッケージを保存」のメニューが現れるタイミングも良く分かりませんでした．
＃「UMLプロファイルとして適用」となっていることがあります．

ご指摘のように、今回追加されたプロファイルの作成は
基本的にはプロジェクト内で有効になります。

もし、プロジェクト外でも利用したい場合には
XMI形式で保存し、他のプロジェクトで読み込むのが
よろしいかと思います。

この<<profile>>ステレオタイプが付加されているパッケージでは
「UMLプロファイルとして適用」の項目が利用できます。
この項目を実行すると、ステレオタイプ情報が
現在のプロジェクトファイルに登録されます。

このステレオタイプがついていない場合には
「UMLプロファイルとしてパッケージを保存」に
なっているかと思います。これは、従来からある機能です。

将来的にはプロファイルとしても保存できるように
する予定ですが、現時点ではプロジェクト内で簡単に
利用する手段であるとお考えください。