サポート宛てにいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

ユーザーオプションで「関連の既定の向きを'ソース→ターゲット'に設定」が有効に
なっている場合に、作成した関連のプロパティ画面から、「方向」を「未指定」に設定しても
矢印の表示が変わりません。
ダイアグラムを開き直すと正しい表示になります。

○回答

ご指摘通りの現象を確認しました。
Enterprise Architectのバグになりますので、修正いたします。
(次回のリリースとなるバージョン13.0で修正予定です。)

この問題は、本日リリースしました、バージョン13.0 ビルド1305で修正いたしました。
ご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。