サポート宛にいただきましたご質問の要約です。

○ご質問

Enterprise Architectのドキュメント生成機能で作成したdocxファイルを
Word2013で開くと、以下のようなメッセージが表示されます。

このファイルには、WordでサポートされなくなったカスタムのXML要素が含まれています。
このファイルを保存すると、該当するカスタムのXML要素が完全に削除されます。

対処方法はありますか？

○回答

ご指摘通りの挙動を確認いたしました。(Word2007や2010では表示されないようです。)
申し訳ございませんが、対処方法はありません。(Enterprise Architectの
ドキュメント生成に利用しているライブラリの修正が必要です。)
このエラーメッセージは無視して構いませんので、このメッセージが表示されないように
設定し、ご利用下さい。

この件に類似している問題として、ドキュメント内に「SSRunpr」などのタグがピンク色で表示されるという問題もございます。

いずれも、カスタムXML要素が原因です。お手数をおかけしますが、このタグを削除してご利用下さい。
(このカスタムXMLタグはWordで無視されますので、削除しても結果は変わりません。)