サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

複数のモデルをマージする際に、マージファイルを利用してマージを
実行すると、変更内容を正しくマージすることができません。
(何もおきません)

○回答

ご指摘通りの動作を確認しました。
Enterprise Architectのバグになりますので、修正いたします。

ご迷惑をおかけし申し訳ございません。

この問題は、バージョン12.1 ビルド1224で修正いたしました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。