サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

ドキュメント生成時に、対象外のダイアグラムの指定を行っても
生成結果に正しく適用されません。

○回答

ご指摘通りの挙動を確認しました。
Enterprise Architectのバグと思われますので、開発元に連絡し
詳細な調査および修正を行います。

引き続きご迷惑をおかけし申し訳ございません。

この問題は、バージョン12.1 ビルド1224で修正いたしました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。