サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

Excelなどの外部のファイルをダイアグラム内にドロップし、「成果物(ファイル保持)」を
選択し、そのファイルをプロジェクト内に埋め込みます。

この状況で、その要素がロックされている場合にダブルクリックすると
読み取り専用でそのファイルが開けますが、その後、再度開くことができなくなります。

○回答

ご指摘通りの問題を確認しました。
こちらで調査した限りでは、Enterprise Architectの考慮漏れによる
問題かと思います。開発元に連絡し、修正を依頼します。

OSのTempフォルダ内に作成されるEADocsフォルダにあるファイルを
手作業で削除すると、再度開くことができます。

この問題は、ビルド1213で修正いたしました。
ご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。