バージョン管理機能利用時に、特定の条件を満たすと差分比較の結果がおかしくなる

○ご指摘

バージョン管理機能を利用して各パッケージを管理している状態で、子パッケージに含まれる要素を
親パッケージ内のダイアグラムに配置すると、「最新バージョンとの比較」で
不適切な結果になる場合があります。
(過去に要素に追加した属性や操作が差分として表示される)

○回答

こちらでもご指摘通りの問題を確認できました。
Enterprise Architectのバグになりますので、
開発元に報告し修正を依頼します。