サポート宛にいただきましたご指摘の要約です。

○ご指摘

操作のパラメータを追加後、常に第一パラメータが選択状態になります。
複数のパラメータを追加している場合など、混乱します。

○回答

ご指摘通りの挙動になることを確認しました。
Enterprise Architectのバグのように思いますので、開発元に改善を依頼します。

この問題につきまして、本日リリースしましたビルド1004にて
修正いたしました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。