サポート宛に頂きましたご指摘の要約です。

○ご指摘

ユースケース要素などのシナリオ(拡張シナリオ形式)において、相互参照タブで
ある要素を削除し、同名の別の要素を追加した場合に、シナリオの内容から
該当の要素の名前の文字列が削除されます。

○回答

相互参照タブから要素のリンクを削除した場合、シナリオの内容から
同名の要素の文字列を削除するようにしています。

ただ、今回の場合には、削除されるべきではない状況ですので
Enterprise Architectの考慮漏れのバグになります。
開発元に連絡いたします。

この問題は、バージョン9.3ビルド930で修正されました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。