モデルの追跡のために、関係のある要求とユースケース間に「実現」を設定し、同様に関係あるユースケースとクラスに対しても「実現」を設定し、要求と関連のあるクラスを見つけたいと思っています。

一つ一つなら「階層構造サブウィンドウ」にて、階層を追って行けば、要求に関係があるクラスがわかります。しかし、すべての要求に関して一覧で見たいと思っていますが、関係マトリクスの要求-クラス間のマトリクスを見ても関係のあるところに「X」が現れません。なにかよい方法がございますでしょうか？

こちらは、A-B-Cの3つの要素間に関係がある場合に、AとCを
関係マトリックスで選択しても関係が表示されない、という
ご質問と思います。

この場合は、関係マトリックスには表示されません。

関係マトリックスは対象の2つの要素間に直接の関係が
ある場合にのみ表示されます。

ご確認よろしくお願いします。