○ご指摘

データベース設計で、表示形式をInformation Engineering(IE)形式で
表示すると、関連線の両端のラベルの座標処理がおかしくなるようで、
クリックしても選択できません。ラベルから少し離れた位置を
クリックすると、選択できます。

○回答

ご指摘通りの問題を確認できました。
Enterprise Architectのバグになりますので、開発元に連絡し
原因の調査を行います。

表示形式を「Information Engineering」から
「UML2.1」方式に変更することで、この問題は回避できます。
(このUML2.1方式で表示されるラベルの位置が、内部で認識している位置のようです)

この「Information Engineering」方式でなくてもよい場合には、お手数をおかけしますが、「UML2.1」方式でご利用ください。

この問題につきまして、本日リリースしましたビルド1004にて
修正されています。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。