○ご指摘

パッケージ内に同名のパッケージが複数存在すると、HTMLドキュメントを
生成したときに同名パッケージが沢山生成されます。

Package1
　-Package1
　-Package1

↓HTMLドキュメント生成

Package1
　-Package1
　-Package1
　-Package1
　-Package1


○回答

ご指摘の現象を確認しました。

それぞれのパッケージが2個ずつHTMLドキュメントへ出力されているようです。

こちらはEAのバグになりますので、開発元に依頼し、修正いたします。

この問題はビルド858で修正しました。
長らくご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。