当方ではクラス図とシーケンス図を作成しております。

Excelで作成した設計書においては、
変更履歴の記載と、変更箇所の色付けなどをして
変更点がわかりやすくなるよう運用をしています。

EAでは、案件毎の変更箇所をダイアグラム上で特定するための
"しるしをつける機能"はEAにありますでしょうか。
専用の機能がない場合、何かしらの工夫で代替できる機能をご紹介いただけますと幸いです。

ご要望に添えるかどうかわかりませんが、以下のような方法が
あります。

1. 「ブックマーク」機能

ダイアグラム内で要素を選択してSHIFT+SPACEキーで
「ブックマーク」が設定できます。

ブックマークは検索の条件煮含めることのできる情報ですが
ダイアグラム内で赤三角が表示され、他の要素と区別する材料になります。

2. ダイアグラムフィルタ機能

EA8.0での機能になりますが、ダイアグラムフィルタの機能を
利用すると、条件を満たす要素のみを明示できます。

この機能ではフィルタ条件を複数定義して切り替えることができますので、
例えば、要素のプロパティ画面の「キーワード」の欄あたりに
記号や文字列を入れておいて、その内容で切り替えることもできます。

ご参考になりましたら幸いです。

ご回答ありがとうございました。

ブックマークの活用は難しそうですが、EA8.0の機能は明日、早速試してみます。