例えば、２つのシーケンス図を比較し、メッセージが追加されているといったような違いがわかる方法はありますか？

Enterprise Architectの機能としては、残念ながら
存在しません。ひとつの方法として、XMIファイルの
差分から差を見つけるという方法もあるかと思います。

XMIを利用するという意味では、CVSを利用して差分管理を
行い、CVSと連携できる他のツールを利用すると
もう少し便利に確認できるかもしれません。