現在，Visual Studio 2008 C++でビルドした
アプリケーションからリバースエンジニアリング機能を用いて
シーケンス図を作成しようとしています．

アプリケーションは，マネージドコードとネイティブコードの
混在となっています．
(内部でネイティブコードのDLLを読み込んでいる)

この場合，Visual Studioではデバッガとして"混合"というのが
用意されており，マネージ・ネイティブ部のどちらも問題なく
デバッグが行えるのですが，EAのビルドスクリプトの
デバッグ設定では，利用デバッガにNativeか.Netのどちらかしか
選べません．

.Netを選択しデバッグを行った場合，
Native部分にブレークポイントの設定ができず(?マークとなって
しまう)，その部分のシーケンス図を生成することができません．

混在のアプリケーションの場合，Native部分のデバッグは行う
ことができないのでしょうか？
Native部分のPDBもあり，また，ソースコードの読み込みは，
問題なくできています．

EAのバージョンは，Ver.7.1.828製品版です．
よろしくお願いします．

ご質問の件ですが、Enterprise Architectの機能では
マネージドコードとネイティブコードの混在環境で
両方のデバッグを行うことはできません。
(Enterprise Architectの持つデバッガが、それぞれの環境用に
わかれているため)

混在する場合には、どちらか1つの環境のみとなります。

この点につきましては、根本的な内部構造を変える必要があり、
現時点で改善する見込みはありません。

ご要望に添えず申し訳ございません。