いつもお世話になっております。
早速ですが、C++のコードをリバースした時に、集約関係が上手く表現されず、
使用法が誤っているか、確認させて下さい。

== classA.h
#include <vector>
#include "classB.h"
using namespace std;

typedef vector<classB* > classBContainer;
class A
{
classBContainer container;
}

== class B.h
class B
{
int hoge;
}

ベクタを用いて、クラスAにBを集約しているのですが、この2つのヘッダをEAに読ませると
クラスA,クラスBが独立した状態で生成されます。
よろしくお願い致します。

このソースを読み込ませると、ご指摘のように
2つのクラスには関係が生成されません。

この原因には２つあります。
1つ目は、Enterprise Architectがtypedefキーワードには
対応できていない点です。
2つ目は、上記のような形でのテンプレートにも
対応できていない点です。

いずれも問題としては認識しておりますが、
技術的な難度が高いためすぐには対応できないのが実情です。

そのため、現時点では制限という形になっております。

ご希望に添えず申し訳ありません。