VS2008、C＃、.NET Freamework 3.5で作ったソースコードで
シーケンス図生成をやって、普通に動いています。
デバッガは2.0を指定しています。

動いているので、今のところよいですが、
気持ち的には若干不安です。

そのうちデバッガの選択肢に追加されたりしますでしょうか？

ご指摘の点に関連する情報として、以下のページの
図・内容がわかりやすいと思います。

https://codezine.jp/article/detail/2269?p=1

この内容にあるように、.NET3.5でも、
EAのデバッグで利用しているCLRのバージョンは2.0のままです。
なので、2.0の指定で問題無く動作するということになります。

もし変えるとすれば、選択肢の内容を
「Microsoft .NET 2.0/3.0/3.5」
というようにする形だと思います。
こちらは、改善案として検討します。

(手元のバージョン7.5では「2.0」のままです。
選択肢に「Adobe ActionScript」が増えていますね...)

情報ありがとうございます。
了解しました。

※1.1→2.0でいろいろ悲しいことを体験したので、無駄に心配しました・・・

ご確認ありがとうございました。
基本的には、2.0から3.5までは互換性があるようです。
(=2.0で作成したものは3.5で動作する)