クラス図で必要なクラスを抽出した後、抽出したクラスをパッケージに分類したい場合に、その構成をパッケージ内で表現したいのですが
どのようにすればよいでしょうか？
（ダイアグラム上に大きなパッケージ要素を配置し、その中に抽出したクラスを入れていきたい。）

プロジェクトビューのパッケージ＝パッケージ要素にしなければ
ならないのでしょうか？

一般的には、プロジェクトブラウザにおけるパッケージの
中身が、そのパッケージに含まれるクラスになるかと思います。
つまり、プロジェクトブラウザのパッケージにクラスを格納し
Enterprise Architectの機能で、パッケージ内のクラスを
表示させる方法が、推奨する方法です。

ただし、異なるビュー(観点)で表現したい場合など、
上記の方法ではないような場合には、ダイアグラムの
プロパティの「パッケージの内容を表示」のチェックを外すと
パッケージ単体で表示できるので、その上で
パッケージの上にクラスを乗せるのが良いと思います。

ぜひお試しください。