○ご指摘

ビルド833の属性のプロパティダイアログで、「プロパティ」にチェックが入っている属性(プロパティと関連づけられた属性)を選択すると、編集前でも「保存」のボタンが有効になり、編集されたと判定されています。

○回答

ご指摘通りの問題を再現できました。

こちらは「プロパティ」チェックボックスの制御に関する
Enterprise Architectのバグと思われますので、開発元に連絡いたします。
現時点では回避方法がなく、申し訳ございません。

この問題はビルド834で修正されました。
ご迷惑をおかけし申し訳ございませんでした。