コード生成テンプレートを書き換えて、自動生成時のメソッドにつくコメント文を変更しようと思っています。
書き換える前のテンプレートで生成したソースコードに対しても、書き換え後のテンプレートによるコメント文は書き出されるのでしょうか。

自分の書き換え方が間違っている可能性も高いですが、
コード生成テンプレートを書き換えても、既に自動生成済みのクラスに対してコード生成しても、所望のコメント文が書き出されませんでした。
コード生成テンプレートの書き換え後に、新規に作ったクラスを自動生成すると、所望のコメント文が書き出されました。

既存のソースコードに対して「同期」でコード生成を行う場合には、
適用されるテンプレートと適用されないテンプレートがあります。

また、適用されるテンプレートでも、「正しく」テンプレートを
利用しないと、期待する結果にならないことがあります。

具体的な例をいくつか挙げますと、
・Body系テンプレート(OperationBody等)やFile系テンプレートは、
ソースコードがある場合には適用されない
・コメント(ノート)は、Notes系テンプレートで出力しないと
正しく反映されません。
(Operation Notesテンプレートでコメントを出力しますが、
その他のテンプレートでも、コメントを出力することは
不可能ではありません。ただし、この場合には、Operation Notes
テンプレート以外で出力したコメントは更新されません。)


このあたりについては、無料セミナー「Enterprise Architect ソースコード生成ルール
カスタマイズ 実践セミナー」で詳しく説明しています。
興味がありましたら、次回ぜひ参加をご検討下さい。


https://www.sparxsystems.jp/seminar/EACodeGenerate.htm

(ただ、初回は思ったほど需要がなかったので、次回は年末か
来年の早い時期になってしまう予定です。)