パッケージ図のダイアグラムプロパティで，
　・「パッケージの内容」をチェック
　・「派生記号と可視性を表示」をチェック
に設定していると，ダイアグラム上でパッケージ要素内に
　要素のアイコン，可視性，要素名
が表示されます．

しかし，このパッケージ図を規定のダイアグラムに設定して，プロジェクトファイルを
開き直すと，要素の可視性が表示されないようです．
（要素のアイコンと要素名のみ表示される）

ただし，ダイアグラム上の要素を選択したり，拡大・縮小操作などを行うと
可視性が現れます．

ご指摘いただきありがとうございます。

一度EAを閉じ、EAPファイルをダブルクリックして開きなおした場合、
ご指摘の表示を確認できました。
（あらかじめ、EAを起動しておき、プロジェクトファイルを
オープンした場合は、本現象は発生しないようです。）

また、拡大縮小など、何か次の操作のタイミングで、パッケージ内の
要素の可視性が表示されることも確認しました。

こちらは、EAの描画タイミングに関するバグになりますので、
開発元に連絡し、修正を行います。

ご迷惑をお掛けし、申し訳ございません。