Postgresql8.3より
DDLを読み込もうとしております。
DBには複数のスキーマがありますので
スキーマ単位で読み込もうとして
フィルタ-スキーマ/オーナ：
のテキストボックスにスキーマ名を
入れて読込ボタンを押下したところ、
表示されるテーブル一覧がスキーマ名で
フィルタリングされていません

やり方が間違っているのでしょうか？

ご指摘通りの結果を確認しました。

Enterprise Architectのバグの可能性と、この機能が
PostgreSQLに対応していない可能性の両方がありますので
開発元に確認いたします。

現時点では対応方法はないようです。
ご迷惑をおかけし申し訳ございません。