パッケージの中にクラスを作成して、C# のソースを生成すると、名前空間が生成されるのはよいのですが、ルート (「ビュー」) からの名前空間が生成されてしまいます。
例）プロジェクトブラウザでは

となっていた場合、生成された *.cs ファイルでは、
namespace 論理ビュー.論理モデル.MyPackage
となってしまいます。
namespace MyPackage
としたいのですが、方法はあるでしょうか？

この例の場合には、「論理モデル」パッケージを
プロジェクトブラウザで右クリックして
「パッケージのコントロール」→「名前空間の基準に設定」を
選択してください。

その後、ソースファイルを再生成しなおせば反映されるかと思います。

ぜひお試しください。

できました！
ありがとうございます。