この場合、EAPファイルを読み込んだ状態で「ツール」→
「プロジェクトファイルの管理」→「プロジェクトファイルの圧縮」
を実行しますと、無駄な内部データを削除して圧縮することができます。

デフォルトでon(=インストール直後で自動的にon)としていても良いのではないでしょうか？

逆にoffにした状態に何らかのメリットがあるのでしょうか？
(非圧縮は読み込み速度が早くなるとか)

DBMSからeapにして、圧縮かけたらものすごく速くなりました。

ところで、これを修正して、DBMSに戻したい場合などは
どうすれば良いのでしょうか。
サイズダウンして、そのままDBMSに転送できると良さそうですが
(恐くて試してません)

この圧縮機能は、この機能を実行したときに、不要な情報を全て
削除する機能であり、継続的に効果のあるものではありません。
つまり、EAPファイルをご利用になっている場合には、
定期的にこの「圧縮」作業を行ったほうがよい、ということになります。

未登録ゲストさんは書きました：
理解したうえで再度書きますが、保存時に(こっそり)自動的にこの処理をやってくれると嬉しいのではないでしょうか？
(この機能のon/offがオプションで設定できるとよいかと・・・)

結果的に圧縮されるかされないかはユーザにとってそれほど興味がなく、普通に保存したとき常に最も小さいサイズが嬉しいと思うのですがいかがでしょう？