上書きのソースコードの生成に関して

いつもお世話になってます。
上書きのソースコードの生成を行う場合に質問があります。
このとき一部のソースコードを変更させずに更新できないでしょうか？
たとえばヘッダのコメント部分を残したいと思うときなど。
よい案があれば教えてください。
よろしくお願いいたします。