バージョン管理関連の機能で、例えばチェックアウトをしたい場合、
(1)対象のパッケージを右クリック
(2)パッケージのコントロール
(3)チェックアウト
と操作を行っています。

バージョン管理機能関連は、ツールバーやキーボードのショートカットで
選択肢として表示されないのですが、何か簡単にする方法はないでしょうか？

ご指摘どおり、「カスタマイズ」を行っても
現時点ではバージョン管理に関連するツールバーやショートカットキーを
追加・設定することはできません。

カスタマイズ可能な内容は、メインメニューから呼び出し可能な機能
に限られます。現時点では、バージョン管理に関する
機能は、パッケージの右クリックのみで呼び出し可能ですので
追加することができません。

この点は機能改善要望として検討いたします。
現時点ではご要望に沿えず、申し訳ございません。