jp.xx.xxx のようなフォルダを作成しそこにクラスを置いてあります。実際はオブジェクトブラウザで見ると
ビュー-->論理ビュー --> 論理モデルの下にこのパッケージフォルダがあります。

ソースコードを生成すると 論理ビュー.論理モデルがパッケージ名の頭についてしまうのですが、jpから始まるパッケージをルートと指定はできませんでしょうか。

jp.xx.xxxのパッケージをビューの直下にもってくるしかないのでしょうか。
よろしくお願いします

ソースコード生成において、jpから始まるパッケージ名を出力する
ことは可能です。パッケージを移動する必要はございません。

プロジェクトブラウザのパッケージにおいて、どのパッケージを
名前空間の基準とするかを設定してください。操作は以下になります。

パッケージで右クリックし、「ソースコードの生成と読み込み」→「名前空間の基準に設定」

今回いただいたご質問の場合は、論理モデルのパッケージを名前
空間の基準に設定しますと、それ以下にあるjpから始まるパッケージ名
がソースコード生成にて出力されます。

ご確認のほど、よろしくお願いいたします。

何かご不明点などありましたら、ご連絡ください。