使い方を誤っているかもしれませんが。
クラス図にパッケージを作り、その上でクラスを配置していました
パッケージが増えてきて図がでかくなるので、プロジェクトブラウズでパッケージ内にクラスを移動しました。これによってソースの生成もできるようになり、シンプルになりました。
問題はこの状態ではパッケージをまたいだクラス間の関連が見づらくなったことです。マトリックスを使用すれば何とか見えるのですがクラス図ほどの可読性がありません。
なにかよい方法はありませんか？

クラス間の関係を参照するための方法を、ご提案させていただきます。

現在、要素が多くなったのでパッケージを作成し、その中に要素を
移動することによってモデルの情報を整理されていらっしゃると思います。
この方法につきましては、弊社でも動画デモでご紹介しています。
https://www.sparxsystems.jp/ea_demo.htm
の「多くのクラスを効率的に整理する」

この後、異なるパッケージ間のクラス間の関係を参照する方法ですが、
ダイアグラムをいくつか作成するという方法があると思います。

1つは、クラス間の「関係のみ」を参照するための図、
その他は、クラスの「詳細」を参照するための図
のような大きく2種類の図を作成することができます。


前者の図の作成方法です。
「関係」以外の情報を「非表示」にする操作がポイントになります。

1. ダイアグラムを作成していただき、プロジェクトブラウザから
　該当のクラス要素を含むパッケージをいくつかドロップしてください。

2.パッケージには、クラス要素のアイコンが表示されていると
　思いますが、それは非表示にします。
　非表示にする方法は、ダイアグラムプロパティ画面の要素タブ
　「パッケージの内容」チェックボックスをオフにしてください。

3.その状態で、プロジェクトブラウザから、パッケージ内のクラス
　要素をそのパッケージ上へリンクとしてドロップします。
　クラス名にパッケージ名が表示されていますが、これを非表示に
　するには、ダイアグラムプロパティ画面のダイアグラムタブの
　「要素のパッケージ名を表示」をオフにしてください。

4.クラスの属性や操作は非表示にすると、関連の情報がより
　分かりやすく参照できます。
　クラスの属性や操作を非表示にするには、ダイアグラムプロパティ
　画面の要素タブの区画の表示欄にあるチェックボックスをオフに
　してください。

これで、クラス間の関連を参照しやすい図が作成できたと思います。

もう1種類の図である、クラスの「詳細」（属性や操作）を表示する
図では、パッケージごとにダイアグラムを作成し、ダイアグラム
プロパティ画面で、さまざまな情報を表示するように設定してください。


このように、EAでは1つの要素について、複数の図を用いて、概要
情報や詳細情報を参照することができます。この例につきましても、
動画デモでご紹介していますので、ご参考にしてください。
https://www.sparxsystems.jp/ea_demo.htm
の「情報の一元性」


なお、補足になりますが、ある1つの要素について、それに関連する
情報を図上で参照したい場合は、あるダイアグラム上にその要素を
配置し、要素のコンテキストメニューから「追加」→「関係する要素の追加」
を実行しますと、関連する要素が表示されます。


上記について、ご確認のほど、よろしくお願いいたします。

何かご不明点などありましたら、ご連絡ください。