○ご質問

ソースコード読み込みを行った際、ソースコード中に記述した
インナークラスをクラス図に反映することはできますか？

○回答

可能です。

現在のEAの動作をご確認する場合は、クラス図でインナークラスを
作成して（プロジェクトブラウザ上で入れ子の状態にする）、親クラスを
ソースコード生成してください。
その状態で、クラス図中の親クラス・子クラスを一旦削除し、生成した
ソースコードを読み込むことで、動作をご確認いただけます。

便乗質問させてください。

EAのモデルから生成していないインナークラスをもつ既存コードをリバースして、クラス図に反映することも可能なのでしょうか？

引用：

インナークラスに関わらず、EA外で作成したソースコードを
読み込んで、クラス図に反映することは可能です。
ただし、EAで判別できないような記述につきましては、正しく
クラス図に反映できない場合もございます。

もしご自身のソースコードがインナークラスとして認識されて
いないということでしたら、この掲示板にある方法でEAから
ソースコードを出力していただき、ご自身のソースコードと
比較していただければと思います。

何かご不明点などありましたら、ご連絡ください。