○ご指摘

ダイアグラム上に要素を配置しサイズを変更したり、位置を変更した後に、
保存をせず、編集中のダイアグラムを開いたままダイアグラムのある
パッケージ配下にパッケージを作成すると全ての要素のサイズ、位置が
元に戻ってしまう。やり直しもきかない。

ダイアグラム保存後や、ダイアグラムの画面を切り替た場合は、大丈夫です。

○回答

ご指摘の現象を確認いたしました。

こちらはEnterprise Architectのバグになりますので、
開発元に連絡し、修正いたします。

上記、ご指摘の問題点につきましては、
Enterprise Architect ビルド816 で修正いたしました。

ぜひ最新ビルドをご利用ください。