モデルのメンテナンスをするため、ソースプログラム修正やパッケージの変更などあった場合、リバース同期を行いますが、
ソースプログラム側のJavaクラス削除された場合など自動的にモデルの方を削除してくれる仕様になっておらず、現状では人間が確認しながらモデルメンテする付随作業が必ず必要となっています。

ソース→モデル同期について、完全同期化又はもう少し現状改善する方法はないでしょうか？

よろしくお願いします。

こちらにつきましては、現在のところ敢えて削除しないようにしております。
これは、自動的に削除するようにした場合に起きうる「意図していない削除」
(人間が原因の場合もあるでしょうし、Enterprise Architectのバグや能力不足が
原因の場合もあります)を懸念しているためです。

Enterprise Architectはご存知のように、生成するソースファイルに
目印となるようなコメントを埋め込みません。他のツールではコメントを埋め込んで
分析時の目印にするものもあります。これらの違いとしましては、コメントが
あるほうがより詳細・正確な解析ができるようになるという反面、そのコメントは
UMLツール以外には全く意味がないものであるため、そのソースを利用する
開発者にとっては目障りなものでしかないということが言えると思います。

Enterprise Architectの場合には、このコメント方式をとっていないため
どうしてもソースファイルの解析には限界があります。違うものを同じと認識したり
してしまう例もあります。そういった問題に対しては個別に修正作業を
進めていますが、これは対症療法であるため、世界中の全てのソースコードを
確実に解析できるようにはできていません。

その結果、意図しない悪い結果を回避するために、現在は削除しないように
しております。将来的にオプションなどで動作を変えるようにすることは
検討しておりますが、現在のところは制限事項となります。

申し訳ありませんが、ご理解いただけると助かります。

これも、警告メッセージ少し都度POP-UPされたような気がしてますが、表示都度メモ書きして、あとからチェック＆一つずつ確認しながら修正メンテナンスするのは何なんで、一覧とか処理ログなどに書き出しておいてもらえれば後でマニュアルメンテしやすくうれしいです。

よろしくお願いします。