○ご指摘

ダイアグラム内にパッケージ要素を配置し、その上に
境界要素を配置すると、境界要素に対して
右クリック・左クリックができません。

○回答

こちらは、このような利用方法を想定しておりませんでした。
ご指摘どおりの結果となります。
バグですので、開発元と連携して対応を検討します。
ご迷惑をおかけし申し訳ございません。

上記、ご指摘の問題点につきましては、
Enterprise Architect ビルド816 で修正いたしました。

ぜひ最新ビルドをご利用ください。