シーケンス図で呼び出すクラス操作を記載するときに、クラス図に記載してある操作しか使用できないようにすることはできるでしょうか？(コンボボックスからの選択を強制させたい)
メッセージプロパティを開くと、メッセージ欄に自由に記載できるので、クラス図と同期が取れているかのチェックが結構大変です。

ない場合、同期の取れていない操作(クラス図にない操作を使用している)一覧を抽出するような方法はあるでしょうか？

よろしくお願いします。

まず、コンボボックスの件ですが、クラス図で定義されているもの
以外でも
自由に入力できる点は、制限することはできません。
また、今後制限することも予定していません。
ご理解いただけますと助かります。

Enterprise Architectで「同期」されているメッセージは
タグ付き値に、クラスの操作のGUIDを保持しています。
この値で、クラスの操作の内容が変わったときに、シーケンス図の
内容も連動させて変更しています。

逆に言えば、このタグ付き値がない場合には、同期がされていない
メッセージということになります。この条件で探せば
ご希望のメッセージが見つかるかと思います。

ぜひお試しください。