○ご指摘

ヘルプ「パッケージの削除 」にはプロジェクトルートノードは全て削除
できないとありますが、削除できてしまいました。

ポップアップメニューからではなく、Ctrl+Dでの削除を行った場合です。


○回答

ご指摘の動作を確認いたしました。

プロジェクトルートが１つのみ存在する場合に、Ctrl+Dにより削除できて
しまい、そのため、モデルの作成ができない状態になってしまいました。

こちらは、Enterprise Architectのバグになりますので開発元に連絡し、
修正いたします。

上記、ご指摘の問題点につきましては、
Enterprise Architect ビルド816 で修正いたしました。

ぜひ最新ビルドをご利用ください。