シーケンス図上でクラス間（双方ともリンク）をメッセージで
結んでいます。このリンクを右クリックメニューやDELキーで
削除したのですが（ついでにCTRLキーも押してみたり）
そのメッセージで指定していた操作の「要素の利用状況」を見ると
（CTRL＋Uで確認）まだ利用中となっています。これを完全に
消すにはどうすればいいのでしょうか？

というのは、このクラスをコントロールパッケージにしてまして
頻繁に再読込をする必要があるのです。再読込するたびに、
この残ってる情報のためにシーケンス図上にメッセージが復活
していまうと．．．．

プロジェクトブラウザの操作要素を選択し
CTRL+U で表示される「要素の利用」に表示される内容は
選択した操作要素を持っているクラス要素がどのダイアグラムに
使われているかを表示しています。
これは、シーケンス図のメッセージとは関係がありません。

表示してほしいと考えている、
「操作がどのメッセージで使われているかの一覧表示」は
現在の機能としてはありません。

また、「パッケージのファイルからの読み込み」を行うと
シーケンス図にメッセージが復活してしまう
件ですが、「パッケージのファイルからの読み込み」の際、
「変更を保存しますか？・・・」とダイアログが出力され、
「はい」を選択しても、
このダイアログでの保存は、eap ファイルに対しての保存であり、
XMLに保存しているわけではありません。
ですので、前に「パッケージをファイルに保存」の操作をした
状態に戻ってしまいます。

>CTRL+U で表示される「要素の利用」に表示される内容は
>選択した操作要素を持っているクラス要素がどのダイアグラムに
>使われているかを表示しています。

そうなんですね！誤解してました。ありがとうございます。

>また、「パッケージのファイルからの読み込み」を行うと
>シーケンス図にメッセージが復活してしまう
>件ですが、「パッケージのファイルからの読み込み」の際、
>「変更を保存しますか？・・・」とダイアログが出力され、
>「はい」を選択しても、

パッケージのコントロールの設定で一括読み込みにしているからか
変更保存ダイアログは表示されません。
が、

1.ユーザＡがXMIに出力した時点でパッケージ内のクラスとユーザＡの独自のクラスとの関連情報がXMIに出力される。
2.ユーザＢがXMIを読み込むとパッケージ内のクラスの関連情報がユーザＢのEAPファイルに保持される。
3.ユーザＡは自分のEAPファイル上でパッケージ内のクラスと独自のクラスとの間の関連を削除してEAPファイルを保存する。
4.ユーザＢがパッケージをXMIに出力すると、2で保持されていた関連情報もいっしょに出力される。
5.ユーザＡがXMIを読み込んだ時点で、この関連情報が復活！

と理解して、なんとかなりました。

これはＸＭＩの設定で「ダイアログの出力」をしなければ
関連情報が出力されず回避されるのでしょうか？

パッケージのコントロールで出力したXMLファイルを使った読み込みに関しては理解して頂いたとおりに、
現在のデータにファイルのデータのマージを行うのではなく、必ず上書きを行う動作になります。
ですので、ダイアグラムの出力をしないなどのオプションでの回避は難しいと思われます。

Enterprise Architectのプロジェクトを共有するには、次の3つの方法がありますので、いずれかの利用をお勧めします。
1. 共有のネットワークディレクトリの利用
2. プロジェクトの複製の利用
3. 共有のデータベースシステムの利用(コーポレート版のみ)