相互作用概要図でオブジェクトブラウザよりシーケンス図をドロップし、要素貼り付けダイアログでリンク指定時にリンクしたシーケンス図が相互作用概要図で表示されます
が
リンクしたシーケンス図のみ表示の縮尺を指定できるのでしょうか？

現在は縮尺は変更できません。全てのダイアログで同一の縮尺となります。

ご要望にお応えすることができず申し訳ございません。
機能改善要望として検討いたします。