機能追加要望で時々頂く、「ダイアグラムの要素を選択して削除すると、プロジェクトブラウザの要素まで削除したい」という機能はアドインで実現できそうです。

現在、1点問題(バグ？)が発見され、開発元に確認中ですがこの問題が解決され次第公開いたします。
(削除は実現していますが、削除後にダイアグラムが再描画されない)

もうしばらくお待ちください。

このアドインですが、結局標準機能として採用されてしまいましたので、
日の目を見ることなくなることになりました。

特に問題がなければ、次回のビルド728Jで機能追加されます。
(Ctrl+DELで一括削除できるようになる予定です)