以下の機能には対応する予定はありますか？
* Javaバイトコードを読み出して、クラス図生成
* クラス図つきJavaDoc生成
など

まず、最初のバイトコードの件については、現在対応の予定はありません。
あまり需要がないのか、ほとんどご要望がない状態です。

後者の「JavaDoc生成」の件については、JavaDocに対応したタグをソースコードに生成するということでよろしいでしょうか？

現在のEnterprise Architectでは、一部のタグにのみ対応していますが、コードテンプレートをカスタマイズすることでそれ以外のタグにも対応できると思われます。
(タグに対応する値として、ノートの内容を出力する、等)

Enterprise Architect全体として具体的に対応する予定はありませんが、コードテンプレート機能の説明の一環としてこういった拡張方法の説明もできれば、とも考えております。