お手数をおかけし申し訳ございません。
状況については理解しました。

問題切り分けのため、ご提案いただきました
インストーラなしのファイルを準備しました。

(URL削除)

ただし、ヘルプファイルや設定ファイルなど、直接関係のない
ファイルは含まれていません。取り急ぎの調査用という位置づけです。
(ご指摘のように、レジストリの設定等も必要な部分がありますが
起動には関係ないので、大丈夫だと思います。)


以下の手順で、動作するかどうか、動作に変化があるかどうか
ご確認ください。

1. Enterprise Architectをアンインストールする
2. 適当なフォルダに上記ファイルを展開する
3. コマンドプロンプトから、EA.exe /register を実行する
4. 通常通りEA.exeを実行する

昨日試してないこともあったので、それと併せて回答いたします。
まず１つ目。
msi.dllを別名に変えて、ロードできない状態にしてEAを起動してみました。
msi.dll/msihnd.dll/msiexec.exeの３ファイルを別名に変更し、その後でEAを起動しましたが、症状は変わりませんでした。
ただ、Process Explorerで確認したところ、msi.dllは読み込まれていませんでした。
続いて２つ目。
EAをアンインストール後に提供していただいた圧縮ファイルを解凍し、EA.EXE /registerと実行しましたが、その時点で例外が発生しました。
また、EA.EXEと実行しても同一の結果でした。

この結果を見てですが、もしかしてmsi.dllは関係ないのではないでしょうか？
そうなると怪しいのは１番目のshell32.dllということですが、そちらの正常環境のDLL 6.00.2900.5622 はKB967715でバックアップがとられてました。
で、いろいろと試行していたのですがshell32.dll自体を置き換えできなくてまだ確認できてません。
他にも考えられる原因があればよろしくお願いいたします。

いろいろとお手数をおかけし申し訳ございません。
頂いた情報からは、確かにmsi.dllは関係ないように思われます。
申し訳ございません。

再度情報を見直して確認したのですが
1点、fltlib.dllというファイルも、こちらの環境では
読み込まれていないという差異を見つけました。

ただ、このファイルが何かわからないので、影響しているか
どうかはわかりません。

現時点ではこれ以外の手がかりがありません。
もう少し調査いたします。

引き続きご迷惑をおかけし申し訳ございません。

私の特殊な環境のせいでご迷惑をおかけして申し訳ありません。
fltlib.dllは調べてみましたが、あまり情報がないのですがセキュリティ関係のDLLみたいです。

Windows XP SP2 のフィルター マネージャー プログラムのロールアップ パッケージ
http://support.microsoft.com/kb/914882/ja

実際、何に使用するのかよくわかりませんが、guard32.dllが読み込まれていることを考えるとウイルスガード等のアプリケーションが常駐しているので読み込まれているのではないかと思われます。

他に読み込まれているDLLの違いはありませんでしょうか？

fltlib.dllにつきまして情報をいただきありがとうございます。

本件につきまして、現在引き続きtkounoが調査を行っております。

他に読み込まれているDLLの違い等につきましては、
調査でき次第、改めてご連絡いたします。

引き続き、ご迷惑をお掛けし、大変申し訳ございません。

この問題について、その後の調査の結果では
申し訳ございませんが、今回の問題に影響すると思われる違いは
まだ見つかっていません。

本日ビルド850をリリースしました。お手数をおかけしますが
最新版で動作が変わるかどうか、ご確認ください。

最新版試してみましたが、やはり駄目でした．．．
この件は解決する見込みもないのでこれ以上の調査は無駄と感じます。
よって、これでクローズしたいと思います。
それでは長々とつきあいくださりまして、ありがとうございました。

ご迷惑をおかけし申し訳ございません。
最新版でも現象は変わらないとのことで、申し訳ございません。

開発元にも確認しましたが、現時点で類似の問題が他に発生していないため
手がかりになる点もわからない、というのが正直な現状です。



ご指摘にありますように、確かに、動作環境を満たしていますので
動作することが正しいということは、全く同意します。

その上で、今まで頂いております情報により、
Windows環境における何らかの差異がトリガーになっている
ことも事実ですので、その差異を探すことが現時点での
解決への道であると考えています。




いろいろなご確認・ご対応をお願いしたにもかかわらず
現時点で問題が判明しない点につきましては、深くお詫びいたします。


現時点で必要な情報は全てお知らせいただいていますので
弊社内の他の動作している環境との差分も含めて
鍵になるファイルを探し、その上で弊社で同じ問題が再現できるように
Windowsのファイルを入れ替えて試してまいります。

引き続きご迷惑をおかけし申し訳ございません。

こちらの件ですが、現在のところまで、他の動作しているマシンや
VirtualPCで作成した新規環境などとの差分を取っていますが
まだ再現することができておりません。
また、Comodo Internet Securityなどいくつかをインストールして
確認しましたが、こちらも再現させることができておりません。

引き続きご迷惑をおかけし申し訳ございません。


現時点で有効な情報が提供できず、申し訳ございません。
手当たり次第に差分を取っても解決策に結びつきそうも
ありませんので、別の方法がないか、あわせて検討いたします。

以前はいろいろとお世話になりました。
もう、調査はされてないと思いますがご報告することがありましたので報告させていただきます。

あれからＯＳも再インストールしたので、EAについては正常に動作するようになりました。
ただ、Cross Language社が発売している「翻訳Studio LE 2010」をインストールするとEA自体が起動しなくなる事象が確認されました。
何回かインストール->復元で確認しましたが、EAが正常に起動できることを確認した直後に上記のソフトをインストール、インストール完了後にEAを起動すると一旦起動はするけど即終了という状態になります。
ＰＣを再起動しても状態は変わりませんでした。

以前に発生していた異常終了の後に購入したソフトのため、前回の原因とは異なると思います。
InstallShieldが関係している気もしますが、素人のためそこまではわかりません。
一応、ご報告ということで。

それでは失礼いたします。