ハイパーリンクで指定したファイルについて

ディレクトリで分けられた同名のファイル（内容は異なる）をハイパーリンクで指定したときに、結果としてfilesディレクトリに同名のファイルが2つ存在できないため、どちらか1つしかコピーされないという問題が発生してしまいました。

例えば、ハイパーリンクで指定したファイルがドキュメント生成後、filesディレクトリ以下に新しくディレクトリを掘って保存することは可能でしょうか。

宜しくお願い致します。