Re: "既定のソースコード"に "%" を使用する

ご指摘のFileの末尾の件は、Fileテンプレートの最終行の

#endif /*!defined($guid)*/\n

の\nのあとにある空白かと思います。
お手数をおかけし申し訳ございませんが、修正までは
テンプレートの内容を修正し、ご利用ください。

なお、コードテンプレートの「使い道」については
アイデア次第で面白いものもできると思います。

結局のところ、「クラス図から文字列を生成する仕組み」と
考えると、他のシステムへの入力データを作成したり
U言語の生成に利用したりできるのではないかと思います。