Re: コード生成時にファイルを上書きしたい

設定は、メインメニュー→「ツール」→「オプション」の
"ソースコードの生成と読み込み"ページでされていますでしょうか？

上記設定がされていても、クラス要素からソースコード生成する際に表示される
「ソースコードの生成」画面の「拡張設定」において、同期が有効になっている場合は、
このクラス要素の設定が優先されます。

この点について、ご確認いただけますでしょうか？