EABase.eap にバージョン管理しているパッケージを配置した際の挙動

EABase.eap にバージョン管理しているパッケージを配置し、「新規プロジェクトの作成」で新しいプロジェクトを作成すると、バージョン管理しているパッケージやクラスのGUIDが、別の値に書き換わってしまいます。

＃この状態でチェックアウトを行うと、バージョン管理しているパッケージ以下の階層に
＃重複してパッケージを読み込んでしまう等、挙動がおかしくなります。

バージョン管理しているパッケージやクラスのGUIDを維持したまま、EABase.eap からプロジェクトを作成する事は出来ませんでしょうか？