ノートの行頭のスペースが削除される

ソースコードを読み込む際にコメントの各行の行頭のスペースが削除され、モデルのノート内に左寄せのような見栄えで反映されてしまいます。この現象は読み込むのが外部からのソースコードかモデルから生成したソースコードかを問わず発生しています。やはり文字コードの関係かとも思うのですが、読み込み時の注意点がありましたらお教えいただけますでしょうか？
ちなみに、EAの設定で"オプション"→"ソースコードの生成と読み込み”にある"ファイルの改行はCRLF形式"にチェックを入れ、"ソースコードの文字コード"は空欄(SHIFT_JIS)にしています。